Crytek在外媒最近的孤岛一次采访中，表述：《孤岛危机2》将会为解开《孤岛危机》结局的危机一些谜团。2代背景时间设定在1代的揭晓局谜3年之后，而且地点也从朝鲜的代结一个岛屿的秘密战争转向了遭到外星人摧毁的纽约废墟，而同时也是孤岛全球面临灾难的时候。

在《孤岛危机2》的危机故事叙述中会不时的闪现一些一代的镜头，如果大家没玩过《孤岛危机》的揭晓局谜话，也许你会觉得迷茫，代结所以对剧情好奇的孤岛玩家还要专门去玩一次《孤岛危机》。对于玩过的危机玩家，自然会发现一些谜团的揭晓局谜秘密，他们为什么去朝鲜的代结岛屿。（半剧透：比如一代中队长独自返回外星人基地，孤岛他到底怎样了？危机其实背后有一个更大阴谋，纳米战士其实都被高层所蒙蔽。揭晓局谜）

一代的剧情很顺很简单，就是一个硬性、明确的任务的剧情，但《孤岛危机2》的剧情则非常有趣，这一切都不是那么简单的一场抵御外星人的战斗。